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Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages

Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages
Información general
Tipo de programa software
Licencia GPLv3
Información técnica
Programado en Python
Versiones
Última versión estable 2.3.523 de marzo de 2021
Enlaces

La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en español, Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados) (PANGOLIN por sus siglas) es una herramienta de software[1]​ desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut, con una aplicación web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patógenos genómicos en South Cambridgeshire.[2]​ Su propósito es implementar una nomenclatura dinámica (conocida como nomenclatura PANGO) para clasificar los linajes genéticos del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19.[3]​ Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS-CoV-2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia, que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje más probable (linaje PANGO).[4]​ Son posibles ejecuciones únicas o múltiples, y la herramienta puede devolver más información sobre el historial conocido del linaje asignado.[4]​ Además, interactúa con Microreact, para mostrar una secuencia de tiempo de la ubicación de los informes de muestras secuenciadas del mismo linaje.[4]​ Esta última característica se basa en genomas disponibles públicamente obtenidos del COVID-19 Genomics UK Consortium y de los presentados a GISAID.[4]​ Lleva el nombre del pangolín.

  1. ↑ «Release pangolin v3.1.4 · cov-lineages/pangolin». GitHub (en inglés). Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  2. ↑ «Real-Time Epidemiology for COVID-19 | Centre for Genomic Pathogen Surveillance». www.pathogensurveillance.net. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  3. ↑ Rambaut, Andrew; Holmes, Edward C.; O’Toole, Áine; Hill, Verity; McCrone, John T.; Ruis, Christopher; du Plessis, Louis; Pybus, Oliver G. (1 de noviembre de 2020). «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature microbiology 5 (11): 1403-1407. ISSN 2058-5276. PMC 7610519. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 
  4. ↑ a b c d «Pangolin web application release». Virological (en inglés). 13 de mayo de 2020. Consultado el 29 de noviembre de 2021. 

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